Kerusakan terumbu karang sangat dipengaruhi oleh faktor kimia, biologis, fisik, dan manusia. Faktor yang berkaitan dengan kimia, biologis dan fisik adalah faktor-faktor yang berada di luar kendali manusia. Artinya faktor ini berkaitan dengan kondisi cuaca, iklim, suhu atau temperatur, serta jenis-jenis alga yang dapat mengganggu keberlangsungan hidup sebuah terumbu karang.
Kerusakan terumbu karang secara alamiah tidak menimbulkan efek yang begitu parah. Faktor yang sangat mempengaruhi semakin parahnya kondisi terumbu karang adalah manusia. Aktivitas manusia yang membuat kondisi terumbu karang semakin memprihatinkan. Padahal adanya terumbu karang justru menguntungkan manusia, namun karena berbagai hal justru manusia sendirilah yang merusaknya.
Ada berbagai macam penyebab terjadinya kerusakan terumbu karang karena aktivitas manusia, diantaranya :
1. Kegiatan Penambangan
Batu karang yang digunakan sebagai bahan bangunan, pembangunan jalan dan berbagai aksesoris untuk mempercantik akuarium dengan cara menambangnya menjadi salah satu penyebab rusaknya ekosistem terumbu karang. Kegiatan penambangan terumbu karang untuk menghasilkan keuntungan secara ekonomi sangat tidak dibenarkan.
2. Penangkapan Ikan dengan Cara Ilegal
Penangkapan ikan dengan bahan peledak, bahan beracun, serta berbagai macam alat tangkap yang dapat merusak dan membahayakan koloni terumbu karang. Banyaknya nelayan yang masih menggunakan cara ilegal untuk mendapatkan banyak ikan dari laut menjadi alasan kuat rusaknya jenis-jenis terumbu karang yang ada.
3. Pencemaran Limbah
Adanya pencemaran perairan oleh berbagai limbah yang menyebar di laut dapat merusak kelangsungan hidup terumbu karang. Limbah-limbah industri yang tidak diolah terlebih dahulu dan langsung dibuang ke saluran pembuangan sangat merusak ekosistem perairan. Limbah ini meliputi limbah industri, pertanian, rumah tangga yang terjadi di darat maupun laut.
4. Adanya Proses Pengendapan
Sedimentasi atau pengendapan terjadi karena berbagai macam aktivitas manusia berupa penambangan, konstruksi sepanjang pantai, penebangan hutan tropis, atau pertanian. Aktivitas tersebut mengakibatkan erosi tanah yang terbawa sampai laut. Akibatnya tingkat kekeruhan air semakin tinggi dan mengancam kehidupan terumbu karang yang ada karena kualitas air yang kotor dan keruh.
5. Pembukaan Daerah Wisata
Bawah laut yang menghadirkan nuansa keindahan akan menarik perhatian wisatawan domestik maupun mancanegara. Ada akses wisata bawah laut memang menguntungkan secara ekonomis, namun tidak jarang dapat mengancam kelangsungan hidup biota laut yang ada di dalamnya. Pelestarian biota laut harus diatur ketat dengan adanya sanksi bagi wisatawan maupun penduduk lokal yang membuang sampah secara sembarangan perlu diterapkan agar ekosistem darat dan laut, terutama terumbu karang tetap terjaga. Peraturan terkait sampah pun harus diberlakukan pada kawasan ekosistem danau, ekosistem rawa serta ekosistem yang ada di daratan.
6. Eksploitasi Ikan
Para nelayan seringkali tanpa sadar terlalu banyak mengambil ikan yang ada di laut. Eksploitasi berlebihan ini dapat membuat ikan-ikan yang biasanya hidup di sekitar terumbu karang semakin berkurang. Padahal terumbu karang membutuhkan ikan-ikan tersebut. Harus ada kesadaran dan batas untuk mengambil sumber daya ikan yang ada di laut.
7. Kerusakan Akibat Jangkar
Tidak jarang kerusakan terumbu karang ini karena ketidaktahuan nelayan saat melepaskan jangkar kapal ke bawah laut. Jangkar kapal yang begitu berat dan kuat serta dilepaskan dengan cara langsung dapat menghancurkan terumbu karang yang ada di bawah laut. Perlu adanya pemberitahuan atau larangan untuk menepikan kapal di beberapa tempat yang memiliki terumbu karang.
8. Penebangan Hutan
Penebangan Hutan Mangrove yang ada di sekitar lepas pantai membuat proses sedimentasi semakin tinggi. Hutan mangrove yang seharusnya menjadi filter air dan mencegah terjadinya abrasi pantai akhirnya akan merusak ekosistem terumbu karang yang ada. Hutan mangrove yang kayunya ditebang untuk keperluan kayu bakar sangat tidak dianjurkan.
9. Pencemaran Akibat Sampah
Sampah menjadi hal yang paling merusak suatu ekosistem, baik itu ekosistem darat dan laut, ekosistem rawa, maupun ekosistem danau. Sampah menjadi hal yang paling mengganggu sebuah ekosistem. Begitupan saat banyaknya sampah plastik yang bertebaran di laut dapat menghalangi cahaya matahari yang dibutuhkan oleh terumbu karang yang di dalamnya hidup para polip.
10. Pembangunan Daerah Pesisir
Pembangunan besar-besaran untuk dijadikan resort, hotel, industri, pelabuhan dan pembangunan lainnya yang berada di pesisir pantai biasanya disertai dengan proses reklamasi daratan dan pengerukan tanah sehingga menghalangi cahaya matahari yang dibutuhkan terumbu karang untuk tetap hidup. Akibatnya binatang-binatang yang hidup di karang atau polip akan mati karena kekurangan cahaya matahari.
11. Terjadinya Erosi
Pembangunan hotel yang tidak direncanakan dengan baik dapat membuat kondisi pesisir pantai semakin rusak karena terjadi erosi. Pembangunan hotel di daerah pesisir hendaknya tidak mengesampingkan faktor lingkungan yang ada.
12. Dominasi Alga Dalam Terumbu Karang
Banyaknya alga yang hidup di terumbu karang bukanlah indikasi yang baik. Alga yang tumbuh karena banyaknya pencemaran yang terjadi membuat keadaan terumbu karang lambat laun akan mati. Apalagi jika ikan pemangsa alga yang ditangkap berlebihan, maka bisa dipastikan alga akan semakin bertumbuh pesat karena ikan pemakan alga semakin berkurang. Ciri-ciri alga yang dapat merugikan kelangsungan hidup terumbu karang dapat terlihat bentuk fisiknya.
13. Pengambilan Karang Secara Ilegal
Kehadiran wisatawan dapat mendatangkan keuntungan sekaligus kerugian secara bersamaan. Adanya wisatawan tentu mendatangkan keuntungan karena ada nilai ekonomis yang terjadi. Namun, menimbulkan kerugian jika para wisatawan ini dengan sengaja mengambil terumbu karang yang ada di bawah laut untuk aksesoris ataupun lainnya. Harus ada peraturan tegas agar hal ini tidak terjadi.
14. Kerusakan Karang Karena Sianida
Racun sianida yang masih digunakan oleh nelayan dalam mencari ikan dapat membahayakan terumbu karang. Racun sianida yang tersebar di perairan akan menempel pada terumbu karang dan semakin lama membuat binatang-binatang yang hidup dalam terumbu karang mati. Para polip yang mati secara otomatis akan membuat karang memutih.
15. Penggunaan Pestisida
Penggunaan pestisida pada lahan pertanian dan sistem pertanian yang buruk dapat membuat pestisida mengalir sampai laut. Pestisida dapat membahayakan berbagai organisme yang hidup di terumbu karang.
Pelestarian ekosistem lautan seperti terumbu karang dapat dilakukan dengan cara budidaya terumbu karang. Budidaya terumbu karang harus dilakukan oleh seluruh masyarakat pesisir pantai, salah satunya dengan cara transplantasi terumbu karang. Perlu adanya kesadaran yang diperlukan oleh masyakat tentang pentingnya menjaga terumbu karang. Terumbu karang merupakan keseimbangan ekosistem yang harus selalu dilestarikan.
Cara melestarikan laut Indonesia dapat ditempuh dengan berbagai hal. Salah satunya dengan cara melestarikan terumbu karang sebagai tempat hidup hewan vertebrata dan invertebrata yang ada di lautan. Berbagai jenis ikan seperti ikan pari, ikan kakap, ikan tuna dan ikan lainnya membutuhkan terumbu karang sebagai tempat tinggal agar mereka tetap hidup dan mempertahankan hidupnya.